コナーに次々と災難が降りかかる。
コーヒーメーカーが爆発して火傷をしたり、バイクの修理中に急にエンジンの回転速度が速まって脚を切断しそうになったりと危険な目に遭うことが続くようになった。

バイクの修理中はジェーンが気づいてエンジンを切ったため無事だったが、コナーは「修理を始める前にギアを外したはずなのに」と考える。その後アンドレ、モーリーンとともにニューロが潜んでいた倉庫に向かい、耳をつんざくような音の攻撃にさらされるが、ジェーンがニューロにチップを埋め込むことに成功し、騒ぎは収まる。しかし引き上げる際にコナーは、突然降りてきた倉庫のシャッターに挟まれそうになる。

「悪い時には悪いことが重なる」と言ってコナーは気にしないが、納得できないジェーンはチームの誰よりもコナーの過去を知っているアンドレに、コナーの昔の敵が再び姿を現し、チームの安全を脅かしているのではないかと話す。アンドレはコナーの過去を詮索するつもりはなかったが、チームの安全となると話は違ってくる。倉庫での一件は、コナーを狙う何者かがシャッターに細工をしたものだったので、「過去の事例から誰か心当たりはないか」とコナーに尋ねたが「昔関わった敵はすべて死んだので現れるはずがない」と言われそれ以上、追求できない。

アンドレはジェーンの勘を裏付けるためライリーに命じてコナーの過去に関する情報を調べさせることにした。調べてみると、かつて警察のエリートチームに所属し、当時コナーと同じメンバーだった５人がコンバインやフォークリフトの事故で不審な死を遂げていた事が判明する。アンドレはバーでコナーに「チームのメンバーをも危険にさらすことになるから先走ったまねはしないように」と忠告する。

一方、コナーの自宅へ行ったジェーンは、ナイフを持った不審な男と遭遇、一戦を交えるが取り逃がしてしまう。本部に戻ったジェーンは不審者をコナーの元上官ピアースと確認した。

コナーの自宅の外で張り込んでいると、コナーが外に出てきた瞬間ウィリアムが暗闇の中から現れるが、無人の大型車がピアースをはねてしまう。実はピアースは、コナーに危険を知らせるために現れたのだった。

チームのメンバーたちが本部に戻ると、サイレンが鳴り響いていた。さらにすべての機器がシステム障害を起こし、武装しようにも武器庫へもアクセスできなくなっていた。そのうちに防火扉も閉まり、チームのメンバーは完全に閉じ込められてしまう。

そこへコナーの昔の同僚ハリーが車椅子に乗って現れ「任務中の事故がもとで腰から下が麻痺したのは、コナーや同僚たちのせいだ」と非難し始める。システムを操り、本部にチームのメンバーを閉じ込めたのは、ニューロであるハリーの仕業だった。

チームは脱出シャフトに向かうが、コナーとジェーンは地下にとどまった。メンバーがシャフトの通気孔を上り始めたその時、扉が閉まり、工業用のファンが不気味な音を立てて回り始める。

コナーはジェーンに「出口を知っているかのように動いてハリーをおびき出せ。俺にとって大切なのは君だけだ」と言ってキスをする。その間にも通気孔に閉じ込められた他のメンバーたちは、ファンによって空気が吸い出されるため窒息死が近づいている。

ハリーはトンネル内を移動するジェーンを地下鉄車両で押しつぶし、コナーの恋人を殺したとほくそ笑むが、背後から忍び寄ったコナーに喉を切り裂かれる。ハリーの死によって、操られていた機械類はすべて正常に戻り、通気孔に閉じ込められていたメンバーたちも無事に脱出する。
後でコナーは「ハリーが監視カメラをチェックしているのではないかと思い、一芝居打った」とジェーンに白状する。