ＮＩＣＯから６名のニューロが脱走したとの報せを受け、チームはハンガリーへと飛ぶことになった。

　アンドレはオフィスに入った途端にＮＩＣＯの所長リチャード・アームストロングを撃ち殺してしまう。しかし、そのアンドレはニューロのバウムガートナーが変身した姿だった。本物のアンドレがチームを率いて到着すると、今度は死んだ所長に変身して応対する。

　ＮＩＣＯの主任医師ドクター・フィリップスはチームを案内しながら、「ＮＩＣＯの内部は色ごとに分類した３つのブロックに分かれている」と説明する。

　「イエローは長期入所者、レッドは反社会的な入所者向け、グリーンは保守・管理のためのブロックなので関心を持つに値しない」とフィリップスは言うが、グリーンのブロックから武装した男が出てくるのをジェーンは目撃する。

　監視カメラのテープを分析しても脱走したニューロがどうやって脱走したのかが分からない。捜査を続けるとＮＩＣＯの真下にトンネルが通っていてそれが近くの修道院に通じていることが判明する。このトンネルは何年も前にコンクリートで塞がれたが、特大のドリル用ビット数本と爆薬が数箱、付近の倉庫からなくなっていたため、ニューロたちが脱走を企てている可能性があった。

　ジェーンはグリーンのブロックの一室で所長アームストロングをはじめ数人の死体を発見し、何者かに閉じ込められてしまうが、アームストロングの目玉を片方くりぬいて網膜スキャンで読み取らせ、セキュリティーを解除して部屋を抜け出すことに成功する。

　ジェーンを閉じ込めたと思い込んだバウムガートナーがジェーンに変身し、チームのメンバーと喋っていると、本物のジェーンが現れる。見分けるためにアンドレとコナーが２人を撃つと、本物のジェーンは立ち上がる。偽者の死体をライリーに任せて３人が立ち去るとバウムガートナーは息を吹き返し、ライリーを殴って修道院へ逃げこむ。

　意識を取り戻したライリーは、ジェーンに化けていたのはバウムガートナーだとチームに告げる。ニューロの集団脱走を阻止するため、コナーとライリーはトンネルを破壊するための爆薬をかき集め、アンドレとジェーンは修道院へ向かい、バウムガートナーと、ニューロの脱走に手を貸していた女子修道院長を確保。２人にチップを撃ち込む。

　これで任務を完了したと思ったのもつかの間、アンドレとジェーンは捕まえる相手が間違っていたことを知る。フィリップスはニューロを使って数々の残酷な実験を行っていたのだ。そのため、バウムガートナーと女子修道院長はニューロたちを脱走させようと考えたのだった。

　状況を改善するため、ニューロたちを収容所に戻して、少しの間フィリップスを痛めつけさせると、ようやく彼は実験の犠牲者が多数監禁されているグリーンのブロックへとチームを連れて行く。フィリップスはアンドレに「ニューロの突然変異の謎を解明するのに政府から多大なプレッシャーをかけられていた」と打ち明ける。